Согласно евангельским свидетельствам, Пресвятая Дева, услышав благую весть от Архангела Гавриила в Назарете, поспешила поделиться своей радостью с родственницей Елисаветой. Она отправилась к будущей матери Иоанна Предтечи, проживавшей в Нагорной стране, в граде Иудином.
Это селение находится недалеко от Иерусалима, примерно в 4 км, и именуется теперь Эйн-Карем, а в русской традиции называемое Горнее. Сюда из Галилеи (около 160 км) и прибыла Дева Мария, радостно встреченная праведной Елисаветой. На месте их достопамятной встречи известным главой Русской Духовной миссии, архимандритом Антонином (Капустиным), был основан Горненский женский монастырь.
Богоматерь три месяца пребывала в доме праведных Захарии и Елисаветы, не раз в течение этого времени ходила за водой к источнику, который теперь почитаем не только христианами, но и мусульманами, возведшими над ним свою мечеть.
В этом святом и благодатном месте архимандритом Антонином было решено создать православную обитель. На склоне горы в 1871 г. им были выкуплены два дома с плантацией оливковых деревьев и устроена женская община, через три года утвержденная в качестве монастыря.
Это было нелегкое время, когда турецкие власти всячески противились покупке земель иностранцами, поэтому приходилось действовать через православных арабов. Устройству здесь православной обители всячески препятствовало и католическое духовенство, не желавшее подобного соседства. Их монастырь, возведенный еще в XVII в., оказался в полукольце земель русского монастыря, который практически разделил с католиками место дома праведных Захарии и Елисаветы.
Уже в 1881 г. на живописном склоне был воздвигнут небольшой храм во имя Казанской иконы Божией Матери, который и теперь приветливо принимает всех верующих. Храмовая чудотворная Казанская икона, спасшая монастырь когда-то от эпидемии чумы, стала одной из святынь обители, которой ежедневно, на протяжении более столетия, по заведенной традиции, насельницы обносят монастырь, свято веря в ее охранительную силу. Перед входом в храм установлен столб от дома праведных Елисаветы и Захария, а также камень, на котором святой Иоанн Предтеча, согласно преданию, впервые проповедовал.
Скоро усердием архимандрита Антонина при монастыре была устроена гостиница для русских православных паломников, количество которых из года в год на Святой Земле тогда возрастало. Так, только на ежегодное празднование Пасхи в Иерусалим из России в конце XIX в. прибывало до 15 тыс. человек, значительно превышая число паломников из других стран.
В память о посещении Святой Девой Марией праведной Елисаветы отцом Антонином было выхлопотано установление нового праздника, торжественно отмечаемого 30 марта по ст. стилю, или в пятницу Светлой Седмицы, когда в обитель переносится из Свято-Троицкого собора Русской Духовной миссии икона Благовещения. Насельницы монастыря торжественно встречают икону у источника в Горней, с молитвами и духовными песнопениями приносят ее в обитель, а по прошествии трех месяцев (срок пребывания в Горней Богоматери) провожают обратно в миссию.
В 1911 г. началось строительство большого собора Живоначальной Троицы, однако скоро работы 
прекратились в связи с началом Первой мировой войны. Его возведение было возобновлено уже в наше время, и в 2007 г. он был освящен во имя Всех Святых в земле Российской просиявших.
За все годы существования обители монашеская жизнь в ней никогда не прерывалась. Даже в годы Первой мировой войны, когда турецкими властями из Иерусалима были высланы все сотрудники Русской Духовной миссии, в обители остались насельницы. После печальной русской революции монастырь, как и многие другие обители, оказался в ведении Русской зарубежной церкви. Лишь в 1948 г. он вновь вернулся в лоно Московского Патриархата. В 1955 г. в Горненскую обитель прибыла из СССР первая группа монахинь, пополнившая ее поредевший состав. Теперь в монастыре несут послушание более 50 сестер из России, во главе с игуменьей Георгией.
В 1987 г. в монастыре появился новый пещерный храм Иоанна Предтечи, расположившийся на предполагаемом месте дома святых Захарии и Елисаветы. В каменных его нишах поставлены многочисленные иконы со сценами жизни пророка. Но службы там достаточно редки, в связи с отдаленностью расположения, куда трудно добираться престарелым матушкам.
Сегодня Горненский монастырь стал воистину кусочком России на Святой Земле.
Молодые его монахини теперь часто сопровождают паломников из России в качестве экскурсоводов по святым местам. Исполняя подобное послушание, они с огромной духовной радостью делятся не только своими знаниями по истории Палестины, но и стараются привить частичку любви к благодатной Святой Земле, на которой по-прежнему в русских обителях звучат святые молитвы за Русскую землю.
